Na místě dnešního třeboňského zámku se původně nacházel panský dvůr, který byl později přestavěn na vodní tvrz patřící pánům z Landštejna. Od roku 1366 přešla Třeboň do rukou Rožmberků. Vok II. z Rožmberka následně nechal tvrz přebudovat na mohutný hrad. Roku 1562 však celé město Třeboň, včetně hradu, vyhořelo.
Na obnově a přeměně sídla se podílel Vilém z Rožmberka, jenž pověřil stavitele Antonína Ericera přestavbou na reprezentativní renesanční zámek. Tato přestavba probíhala v druhé polovině 16. století.
V roce 1602 si Třeboň zvolil za své sídelní město poslední Rožmberk, Petr Vok, který sem přesídlil s celým dvorem. Na jeho přání rozšířil zámecký areál stavitel Domenico Cometta – vzniklo například vnější nádvoří a v jihovýchodním křídle byly vybudovány dva společenské sály s vysokými zrcadlovými klenbami. O dva roky později, roku 1604, Petr Vok přikoupil domy přiléhající k zámku, nechal je zbořit a na jejich místě vystavěl patrovou budovu určenou pro obrazárnu a knihovnu.
Po smrti Petra Voka připadlo třeboňské panství Švamberkům, konkrétně Janu Jiřímu ze Švamberka, který o dědictví musel svést spor. Rod však panství neužíval dlouho – jeho syn Petr II. ze Švamberka se zapojil do stavovského povstání, načež bylo panství zkonfiskováno císařem Ferdinandem II. Rod Švamberků poté v roce 1664 vymřel po meči posledním mužským potomkem, Adamem II.
Třeboň se následně krátce ocitla v držení Habsburků, avšak roku 1660 ji císařův bratranec Leopold Vilém daroval Janu Adolfu I. ze Schwarzenbergu jako náhradu za nesplacené dluhy. Mimochodem doplním, že je to také vlastník Schwarzenberského paláce na Hradčanském náměstí. O tomto muži si povídáme v procházce Couráme se po Hradčanech.
Rod Schwarzenbergů vlastnil Třeboň až do roku 1947, kdy byl majetek hlubocko-krumlovské větvi na základě zákona známého jako Lex Schwarzenberg zestátněn. Pro Schwarzenbergy měla Třeboň mimořádný význam jako jejich první oficiální sídlo v českých zemích. Ačkoli se zámek nikdy nestal hlavní rezidencí rodu, sloužil jako místo pravidelných rodinných setkání, zejména během vánočních svátků, a býval proto označován jako „schwarzenberská vánoční rezidence“. V období pozemkových reforem rod přišel o značnou část majetku, včetně příjezdové cesty k zámku, což vedlo k ochladnutí jejich vztahu k Třeboni. Zimní období pak trávili převážně v Itálii.
Posledním majitelem zámku byl JUDr. Adolf ze Schwarzenbergu, který se oženil s lucemburskou princeznou. Po nástupu nacismu byl zámek obsazen německými jednotkami a Adolf ze Schwarzenbergu odešel do exilu ve Spojených státech, odkud podporoval protinacistický odboj. Po válce mu však byl majetek na základě zákona Lex Schwarzenberg definitivně zabaven komunistickým režimem.